総合目録データベースの品質管理は，三つの段階で行われる。
国立情報学研究所における品質管理は，総合目録データベースの全データを点検することが物理的に不可能であり，また，資料そのものを所蔵していないという制約のため，ごく限られたものとならざるをえない。国立情報学研究所の役割は，次のようなものとなる。
データ作成に当たっては，総合目録データベースを十分に検索し，重複データの作成を可能な限り回避するよう留意する必要がある。
また，データ入力を行った後は，登録するデータに誤りがないか否かを点検する必要がある。
解説（データ入力作業と点検）総合目録データベースへのデータ入力は，原則として，各参加組織において行われるが，PREBOOKデータセットについては，外部機関作成書誌データが機械的に登録され，その後所蔵を登録する際に各参加組織においてデータ確認が実施される。各参加組織においては，通常，記述対象資料が手元にあるので，最も正確にデータを把握することが可能である。
また，当初から正確なデータを入力することが，品質管理の上で最も効果的かつ効率的である。
データ入力担当者は，本基準，目録規則，コーディングマニュアル，システム操作法等を十分に理解する必要がある。
データの修正とは，本基準3.1.1で言及した流用入力時のデータ修正とは別のものであり，既に作成，登録済の総合目録データベース中のデータについて，内容の修正（追加，削除を含む）を行うことである。
原則総合目録データベースの共有データは，最初に入力されたデータをできる限り尊重する。すなわち，既に記録されたデータは，誤りがない限り，原則として，修正を行うことはない。ただし，項目内容の追加（入力レベルが選択である項目や，複数の項目内容が存在しうる項目等）は，必要に応じて行うことができる。
データ修正に当たっては，そのデータが異なる対象を表現することにならないよう，慎重な操作が必要である。
なお，詳細な修正指針については，コーディングマニュアルで定める。