総合目録データベースのデータセット構成は、大きくは図書と雑誌に分かれ、それぞれ書誌データセットと所蔵データセットが中心となっている。さらに、典拠コントロールを行うための著者名典拠データセット、統一書名典拠データセットがあり、これら全体で総合目録データベースを形成している。
総合目録データベースの外周には参照データセットがある。参照データセットとは、外部機関作成データを目録システム用に変換したものである。
データセット構成及び各データセットの詳細については、「目録情報の基準 第5版」（2.1 データセット構成）を参照のこと。